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Prediction of the transcription factor binding sites with meta-learning 期刊论文
METHODS, 2022, 卷号: 203, 页码: 207-213
作者:  Jing, Fang;  Zhang, Shao-Wu;  Zhang, Shihua
收藏  |  浏览/下载：201/0  |  提交时间：2023/02/07
Convolution neural network  Transcription factor binding sites  Meta learning  Noisy labels data  
Simple tricks of convolutional neural network architectures improve DNA-protein binding prediction 期刊论文
BIOINFORMATICS, 2019, 卷号: 35, 期号: 11, 页码: 1837-1843
作者:  Cao, Zhen;  Zhang, Shihua
收藏  |  浏览/下载：196/0  |  提交时间：2020/01/10
Brief Survey of Biological Network Alignment and a Variant with Incorporation of Functional Annotations 期刊论文
CURRENT BIOINFORMATICS, 2019, 卷号: 14, 期号: 1, 页码: 4-10
作者:  Jing, Fang;  Zhang, Shao-Wu;  Zhang, Shihua
收藏  |  浏览/下载：191/0  |  提交时间：2019/04/02
Biological network  network alignment  gene ontology  alignment graph  optimization  
IIIDB: a database for isoform-isoform interactions and isoform network modules 期刊论文
BMC Genomics, 2015, 卷号: 16, 期号: Suppl 2
作者:  Tseng,Yu-Ting;  Li,Wenyuan;  Chen,Ching-Hsien;  Zhang,Shihua;  Chen,Jeremy JW;  Zhou,Xianghong Jasmine;  Liu,Chun-Chi
收藏  |  浏览/下载：148/0  |  提交时间：2018/07/30
Determining modular organization of protein interaction networks by maximizing modularity density 期刊论文
BMC SYSTEMS BIOLOGY, 2010, 卷号: 4, 页码: 12
作者:  Zhang, Shihua;  Ning, Xue-Mei;  Ding, Chris;  Zhang, Xiang-Sun
收藏  |  浏览/下载：147/0  |  提交时间：2018/07/30
Disease-Aging Network Reveals Significant Roles of Aging Genes in Connecting Genetic Diseases 期刊论文
PLOS COMPUTATIONAL BIOLOGY, 2009, 卷号: 5, 期号: 9, 页码: 12
作者:  Wang, Jiguang;  Zhang, Shihua;  Wang, Yong;  Chen, Luonan;  Zhang, Xiang-Sun
收藏  |  浏览/下载：147/0  |  提交时间：2018/07/30
A hybrid graph-theoretic method for mining overlapping functional modules in large sparse protein interaction networks 期刊论文
INTERNATIONAL JOURNAL OF DATA MINING AND BIOINFORMATICS, 2009, 卷号: 3, 期号: 1, 页码: 68-84
作者:  Zhang, Shihua;  Liu, Hong-Wei;  Ning, Xue-Mei;  Zhang, Xiang-Sun
收藏  |  浏览/下载：233/0  |  提交时间：2018/07/30
PPI  protein-protein interaction network  network clustering  LGT  line graph transformation  protein complexes  functional modules  data mining  bioinformatics  
Hubs with Network Motifs Organize Modularity Dynamically in the Protein-Protein Interaction Network of Yeast 期刊论文
PLOS ONE, 2007, 卷号: 2, 期号: 11, 页码: 9
作者:  Jin, Guangxu;  Zhang, Shihua;  Zhang, Xiang-Sun;  Chen, Luonan
收藏  |  浏览/下载：126/0  |  提交时间：2018/07/30
Discovering functions and revealing mechanisms at molecular level from biological networks 期刊论文
PROTEOMICS, 2007, 卷号: 7, 期号: 16, 页码: 2856-2869
作者:  Zhang, Shihua;  Jin, Guangxu;  Zhang, Xiang-Sun;  Chen, Luonan
收藏  |  浏览/下载：135/0  |  提交时间：2018/07/30
biological network  network analysis  network comparison  network integration  protein interaction network  
Identification of functional modules in a PPI network by clique percolation clustering 期刊论文
COMPUTATIONAL BIOLOGY AND CHEMISTRY, 2006, 卷号: 30, 期号: 6, 页码: 445-451
作者:  Zhang, Shihua;  Ning, Xuemei;  Zhang, Xiang-Sun
收藏  |  浏览/下载：136/0  |  提交时间：2018/07/30
protein-protein interaction (PPI) network  network clustering  protein complexes  functional modules  clique percolation clustering