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EFFICIENT GENERATION OF MEMBRANE AND SOLVENT TETRAHEDRAL MESHES FOR ION CHANNEL FINITE ELEMENT CALCULATION 期刊论文
INTERNATIONAL JOURNAL OF NUMERICAL ANALYSIS AND MODELING, 2022, 卷号: 19, 期号: 6, 页码: 887-906
作者:  Chao, Zhen;  Gui, Sheng;  Lu, Benzhuo;  Xie, Dexuan
收藏  |  浏览/下载：34/0  |  提交时间：2023/02/07
Finite element method  Poisson-Nernst-Planck equations  ion channel  membrane mesh generation  tetrahedral mesh  
An inverse averaging finite element method for solving three-dimensional Poisson-Nernst-Planck equations in nanopore system simulations 期刊论文
JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS, 2021, 卷号: 155, 期号: 19, 页码: 13
作者:  Zhang, Qianru;  Wang, Qin;  Zhang, Linbo;  Lu, Benzhuo
收藏  |  浏览/下载：106/0  |  提交时间：2022/04/02
A stabilized finite element method for the Poisson-Nernst-Planck equations in three-dimensional ion channel simulations 期刊论文
APPLIED MATHEMATICS LETTERS, 2021, 卷号: 111, 页码: 9
作者:  Wang, Qin;  Li, Hongliang;  Zhang, Linbo;  Lu, Benzhuo
收藏  |  浏览/下载：183/0  |  提交时间：2021/01/14
Poisson-Nernst-Planck  Stabilized finite element method  SUPG  interior penalty  
A DECOUPLING TWO-GRID METHOD FOR THE STEADY-STATE POISSON-NERNST-PLANCK EQUATIONS 期刊论文
JOURNAL OF COMPUTATIONAL MATHEMATICS, 2019, 卷号: 37, 期号: 4, 页码: 556-578
作者:  Yang, Ying;  Lu, Benzhuo;  Xie, Yan
收藏  |  浏览/下载：129/0  |  提交时间：2020/05/24
Poisson-Nernst-Planck equations  Two-grid finite element method  Decoupling method  Error analysis  Gummel iteration  
Molecular Surface Remeshing with Local Region Refinement 期刊论文
INTERNATIONAL JOURNAL OF MOLECULAR SCIENCES, 2018, 卷号: 19, 期号: 5, 页码: 20
作者:  Khan, Dawar;  Yan, Dong-Ming;  Gui, Sheng;  Lu, Benzhuo;  Zhang, Xiaopeng
收藏  |  浏览/下载：178/0  |  提交时间：2018/07/30
molecular surface mesh  molecular simulation  meshing quality  finite element method  
A Time-Dependent Finite Element Algorithm for Simulations of Ion Current Rectification and Hysteresis Properties of 3D Nanopore System 期刊论文
IEEE TRANSACTIONS ON NANOTECHNOLOGY, 2018, 卷号: 17, 期号: 3, 页码: 513-519
作者:  Xu, Jingjie;  Lu, Benzhuo;  Zhang, Linbo
收藏  |  浏览/下载：163/0  |  提交时间：2018/07/30
3D nanopore  analytical test  backward Euler  FEM  ICR  numerical simulation  PNP equations  varying voltage  
A Multi-Time-Step Finite Element Algorithm for 3-D Simulation of Coupled Drift-Diffusion Reaction Process in Total Ionizing Dose Effect 期刊论文
IEEE TRANSACTIONS ON SEMICONDUCTOR MANUFACTURING, 2018, 卷号: 31, 期号: 1, 页码: 183-189
作者:  Xu, Jingjie;  Ma, Zhaocan;  Li, Hongliang;  Song, Yu;  Zhang, Linbo;  Lu, Benzhuo
收藏  |  浏览/下载：167/0  |  提交时间：2018/07/30
Drift-diffusion reaction  ELDRS  finite element method  multi-time-step algorithm  TID  
EFFICIENT AND QUALIFIED MESH GENERATION FOR GAUSSIAN MOLECULAR SURFACE USING ADAPTIVE PARTITION AND PIECEWISE POLYNOMIAL APPROXIMATION 期刊论文
SIAM JOURNAL ON SCIENTIFIC COMPUTING, 2018, 卷号: 40, 期号: 2, 页码: B507-B527
作者:  Liu, Tiantian;  Chen, Minxin;  Lu, Benzhuo
收藏  |  浏览/下载：162/0  |  提交时间：2018/07/30
surface mesh generation  Gaussian surface  triangulation  adaptive partition  trilinear polynomial  
Automated Parallel and Body-Fitted Mesh Generation in Finite Element Simulation of Macromolecular Systems 期刊论文
COMMUNICATIONS IN COMPUTATIONAL PHYSICS, 2016, 卷号: 19, 期号: 3, 页码: 582-602
作者:  Xie, Yan;  Liu, Tiantian;  Tu, Bin;  Lu, Benzhuo;  Zhang, Linbo
收藏  |  浏览/下载：106/0  |  提交时间：2018/07/30
Parallel mesh generation  body-fitted  PHG  biomolecules  finite element simulation