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中国科学院数学与系统科学研究院机构知识库
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资助项目:CAS Frontier Science Research Key Project for Top Young Scientist[QYZDB-SSW-SYS008]
资助项目:National Natural Science Foundation of China[61621003]
文献类型:期刊论文
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Disease category-specific annotation of variants using an ensemble learning framework
期刊论文
BRIEFINGS IN BIOINFORMATICS, 2022, 卷号: 23, 期号: 1, 页码: 15
作者:
Cao, Zhen
;
Huang, Yanting
;
Duan, Ran
;
Jin, Peng
;
Qin, Zhaohui S.
;
Zhang, Shihua
收藏
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浏览/下载:165/0
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提交时间:2022/06/21
complex disease
disease category
functional annotation
non-coding variant
ensemble learning
Network diffusion for scalable embedding of massive single-cell ATAC-seq data
期刊论文
SCIENCE BULLETIN, 2021, 卷号: 66, 期号: 22, 页码: 2271-2276
作者:
Dong, Kangning
;
Zhang, Shihua
收藏
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浏览/下载:140/0
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提交时间:2022/04/02
Approximate distance correlation for selecting highly interrelated genes across datasets
期刊论文
PLOS COMPUTATIONAL BIOLOGY, 2021, 卷号: 17, 期号: 11, 页码: 18
作者:
Shen, Qunlun
;
Zhang, Shihua
收藏
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浏览/下载:144/0
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提交时间:2022/04/02
Joint reconstruction of cis-regulatory interaction networks across multiple tissues using single-cell chromatin accessibility data
期刊论文
BRIEFINGS IN BIOINFORMATICS, 2021, 卷号: 22, 期号: 3, 页码: 15
作者:
Dong, Kangning
;
Zhang, Shihua
收藏
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浏览/下载:143/0
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提交时间:2022/04/02
cis-regulatory interaction networks
single-cell ATAC-seq
Gaussian graphical LASSO
Bayesian Joint Matrix Decomposition for Data Integration with Heterogeneous Noise
期刊论文
IEEE TRANSACTIONS ON PATTERN ANALYSIS AND MACHINE INTELLIGENCE, 2021, 卷号: 43, 期号: 4, 页码: 1184-1196
作者:
Zhang, Chihao
;
Zhang, Shihua
收藏
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浏览/下载:235/0
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提交时间:2021/04/26
Matrix decomposition
Bayes methods
Data integration
Inference algorithms
Data models
Data mining
Gaussian distribution
Bayesian methods
matrix decomposition
data integration
variational Bayesian inference
maximum a posterior
Imputing single-cell RNA-seq data by considering cell heterogeneity and prior expression of dropouts
期刊论文
JOURNAL OF MOLECULAR CELL BIOLOGY, 2021, 卷号: 13, 期号: 1, 页码: 29-40
作者:
Zhang, Lihua
;
Zhang, Shihua
收藏
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浏览/下载:151/0
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提交时间:2021/10/26
single-cell RNA-seq
dropout
imputation
low-rank
systems biology
An Integrative Framework for Combining Sequence and Epigenomic Data to Predict Transcription Factor Binding Sites Using Deep Learning
期刊论文
IEEE-ACM TRANSACTIONS ON COMPUTATIONAL BIOLOGY AND BIOINFORMATICS, 2021, 卷号: 18, 期号: 1, 页码: 355-364
作者:
Jing, Fang
;
Zhang, Shao-Wu
;
Cao, Zhen
;
Zhang, Shihua
收藏
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浏览/下载:208/0
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提交时间:2021/04/26
Bioinformatics
machine learning
transcription factors binding sites
convolutional neural networks
DNA accessibility
histone modification
Comparison of Computational Methods for Imputing Single-Cell RNA-Sequencing Data
期刊论文
IEEE-ACM TRANSACTIONS ON COMPUTATIONAL BIOLOGY AND BIOINFORMATICS, 2020, 卷号: 17, 期号: 2, 页码: 376-389
作者:
Zhang, Lihua
;
Zhang, Shihua
收藏
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浏览/下载:191/0
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提交时间:2020/05/24
Gene expression
Sequential analysis
Bioinformatics
RNA
Matrix converters
Computational biology
Bayes methods
Single-cell RNA-sequencing technique
dropout event
imputation
algorithm
bioinformatics
Probe Efficient Feature Representation of Gapped K-mer Frequency Vectors from Sequences Using Deep Neural Networks
期刊论文
IEEE-ACM TRANSACTIONS ON COMPUTATIONAL BIOLOGY AND BIOINFORMATICS, 2020, 卷号: 17, 期号: 2, 页码: 657-667
作者:
Cao, Zhen
;
Zhang, Shihua
收藏
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浏览/下载:217/0
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提交时间:2020/05/24
DNA
Bioinformatics
Kernel
Feature extraction
Support vector machines
Genomics
Task analysis
Bioinformatics
machine learning
gapped k-mer
deep neural network
transcription factor binding site prediction
Circular Trajectory Reconstruction Uncovers Cell-Cycle Progression and Regulatory Dynamics from Single-Cell Hi-C Maps
期刊论文
ADVANCED SCIENCE, 2019, 页码: 13
作者:
Ye, Yusen
;
Gao, Lin
;
Zhang, Shihua
收藏
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浏览/下载:321/0
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提交时间:2020/01/10
cell cycle
chromosomal architectures
circular trajectory
dynamic structures
single-cell Hi-C maps