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中国科学院数学与系统科学研究院机构知识库
KMS Of Academy of mathematics and systems sciences, CAS
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Deciphering the Spatial Modular Patterns of Tissues by Integrating Spatial and Single-Cell Transcriptomic Data
期刊论文
JOURNAL OF COMPUTATIONAL BIOLOGY, 2022, 页码: 14
作者:
Shan, Xu
;
Chen, Jinyu
;
Dong, Kangning
;
Zhou, Wei
;
Zhang, Shihua
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浏览/下载:74/0
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提交时间:2023/02/07
data integration
single-cell transcriptomics
spatial modular patterns
spatial transcriptomics
hDirect-MAP: projection-free single-cell modeling of response to checkpoint immunotherapy
期刊论文
BRIEFINGS IN BIOINFORMATICS, 2022, 卷号: 23, 期号: 2, 页码: 16
作者:
Lu, Yong
;
Xue, Gang
;
Zheng, Ningbo
;
Han, Kun
;
Yang, Wenzhong
;
Wang, Rui-Sheng
;
Wu, Lingyun
;
Miller, Lance D.
;
Pardee, Timothy
;
Triozzi, Pierre L.
;
Lo, Hui-Wen
;
Watabe, Kounosuke
;
Wong, Stephen T. C.
;
Pasche, Boris C.
;
Zhang, Wei
;
Jin, Guangxu
收藏
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浏览/下载:118/0
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提交时间:2023/02/07
single-cell RNA sequencing (scRNA-seq)
single-cell mass cytometry (CyTOF)
Pareto optimization
projection-free single-cell modeling
response to immune checkpoint blockade
Identifying phenotype-associated subpopulations by integrating bulk and single-cell sequencing data
期刊论文
NATURE BIOTECHNOLOGY, 2021, 页码: 18
作者:
Sun, Duanchen
;
Guan, Xiangnan
;
Moran, Amy E.
;
Wu, Ling-Yun
;
Qian, David Z.
;
Schedin, Pepper
;
Dai, Mu-Shui
;
Danilov, Alexey, V
;
Alumkal, Joshi J.
;
Adey, Andrew C.
;
Spellman, Paul T.
;
Xia, Zheng
收藏
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浏览/下载:138/0
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提交时间:2022/04/02
MIMIC: an optimization method to identify cell type-specific marker panel for cell sorting
期刊论文
BRIEFINGS IN BIOINFORMATICS, 2021, 卷号: 22, 期号: 6, 页码: 14
作者:
Zou, Meng
;
Duren, Zhana
;
Yuan, Qiuyue
;
Li, Henry
;
Hutchins, Andrew Paul
;
Wong, Wing Hung
;
Wang, Yong
收藏
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浏览/下载:135/0
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提交时间:2022/04/02
cell type-specific marker
TFs
surface markers
dimension reduction
hierarchical topology
Approximate distance correlation for selecting highly interrelated genes across datasets
期刊论文
PLOS COMPUTATIONAL BIOLOGY, 2021, 卷号: 17, 期号: 11, 页码: 18
作者:
Shen, Qunlun
;
Zhang, Shihua
收藏
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浏览/下载:114/0
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提交时间:2022/04/02
MUREN: a robust and multi-reference approach of RNA-seq transcript normalization
期刊论文
BMC Bioinformatics, 2021, 卷号: 22, 期号: 1
作者:
Feng,Yance
;
Li,Lei M.
收藏
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浏览/下载:124/0
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提交时间:2021/10/26
RNA-seq
Normalization
Asymmetrically regulated transcription profiles (ART)
Skewness
Mode
Multi-reference
A kernel non-negative matrix factorization framework for single cell clustering
期刊论文
APPLIED MATHEMATICAL MODELLING, 2021, 卷号: 90, 页码: 875-888
作者:
Jiang, Hao
;
Yi, Ming
;
Zhang, Shihua
收藏
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浏览/下载:124/0
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提交时间:2021/04/26
Single cell RNA-sequencing
Kernel non-negative matrix factorization
Cellular heterogeneity
Imputing single-cell RNA-seq data by considering cell heterogeneity and prior expression of dropouts
期刊论文
JOURNAL OF MOLECULAR CELL BIOLOGY, 2021, 卷号: 13, 期号: 1, 页码: 29-40
作者:
Zhang, Lihua
;
Zhang, Shihua
收藏
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浏览/下载:125/0
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提交时间:2021/10/26
single-cell RNA-seq
dropout
imputation
low-rank
systems biology
NeuralEE: A GPU-Accelerated Elastic Embedding Dimensionality Reduction Method for Visualizing Large-Scale scRNA-Seq Data
期刊论文
FRONTIERS IN GENETICS, 2020, 卷号: 11, 页码: 8
作者:
Xiong, Jiankang
;
Gong, Fuzhou
;
Wan, Lin
;
Ma, Liang
收藏
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浏览/下载:164/0
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提交时间:2021/01/14
single-cell RNA sequencing
elastic embedding
neural networks
large-scale
stochastic optimization
parametric models
generalizable models
scTIM: seeking cell-type-indicative marker from single cell RNA-seq data by consensus optimization
期刊论文
BIOINFORMATICS, 2020, 卷号: 36, 期号: 8, 页码: 2474-2485
作者:
Feng, Zhanying
;
Ren, Xianwen
;
Fang, Yuan
;
Yin, Yining
;
Huang, Chutian
;
Zhao, Yimin
;
Wang, Yong
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提交时间:2020/06/30