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Deciphering the Spatial Modular Patterns of Tissues by Integrating Spatial and Single-Cell Transcriptomic Data 期刊论文
JOURNAL OF COMPUTATIONAL BIOLOGY, 2022, 页码: 14
作者:  Shan, Xu;  Chen, Jinyu;  Dong, Kangning;  Zhou, Wei;  Zhang, Shihua
收藏  |  浏览/下载：79/0  |  提交时间：2023/02/07
data integration  single-cell transcriptomics  spatial modular patterns  spatial transcriptomics  
Bayesian Joint Matrix Decomposition for Data Integration with Heterogeneous Noise 期刊论文
IEEE TRANSACTIONS ON PATTERN ANALYSIS AND MACHINE INTELLIGENCE, 2021, 卷号: 43, 期号: 4, 页码: 1184-1196
作者:  Zhang, Chihao;  Zhang, Shihua
收藏  |  浏览/下载：189/0  |  提交时间：2021/04/26
Matrix decomposition  Bayes methods  Data integration  Inference algorithms  Data models  Data mining  Gaussian distribution  Bayesian methods  matrix decomposition  data integration  variational Bayesian inference  maximum a posterior  
A General Joint Matrix Factorization Framework for Data Integration and Its Systematic Algorithmic Exploration 期刊论文
IEEE TRANSACTIONS ON FUZZY SYSTEMS, 2020, 卷号: 28, 期号: 9, 页码: 1971-1983
作者:  Zhang, Lihua;  Zhang, Shihua
收藏  |  浏览/下载：148/0  |  提交时间：2021/01/14
Sparse matrices  Pattern recognition  Data integration  Prediction algorithms  Data models  Matrix decomposition  Signal processing algorithms  Bioinformatics  data integration  network-regularized constraint  nonnegative matrix factorization (NMF)  pattern recognition  
Systems biology intertwines with single cell and AI 期刊论文
BMC BIOINFORMATICS, 2019, 卷号: 20, 页码: 3
作者:  Wang, Yong;  Zhang, Xiang-Sun;  Chen, Luonan
收藏  |  浏览/下载：200/0  |  提交时间：2019/10/28
Systems biology  Network  Data integration  
Matrix Integrative Analysis (MIA) of Multiple Genomic Data for Modular Patterns 期刊论文
FRONTIERS IN GENETICS, 2018, 卷号: 9, 页码: 12
作者:  Chen, Jinyu;  Zhang, Shihua
收藏  |  浏览/下载：176/0  |  提交时间：2018/07/30
bioinformatics  multi-dimensional genomics  matrix integrative analysis  data integration  module discovery  non-negative matrix factorization (NMF)  partial least squares (PLS)  
Sliced Latin Hypercube Designs for Computer Experiments With Unequal Batch Sizes 期刊论文
IEEE ACCESS, 2018, 卷号: 6, 页码: 60396-60402
作者:  Xu, Jin;  He, Xu;  Duan, Xiaojun;  Wang, Zhengming
收藏  |  浏览/下载：151/0  |  提交时间：2019/01/11
Computer simulation  data integration  emulation  sampling methods  uncertainty  
Integrative cancer genomics: models, algorithms and analysis 期刊论文
FRONTIERS OF COMPUTER SCIENCE, 2017, 卷号: 11, 期号: 3, 页码: 392-406
作者:  Chen, Jinyu;  Zhang, Shihua
收藏  |  浏览/下载：134/0  |  提交时间：2018/07/30
cancer genomics  model  algorithm  data integration  bioinformatics  computational biology  
Modeling the causal regulatory network by integrating chromatin accessibility and transcriptome data 期刊论文
NATIONAL SCIENCE REVIEW, 2016, 卷号: 3, 期号: 2, 页码: 240-251
作者:  Wang, Yong;  Jiang, Rui;  Wong, Wing Hung
收藏  |  浏览/下载：123/0  |  提交时间：2018/07/30
gene regulatory network  open chromatin  DNA accessibility  transcription factor colocalization  statistical model  data integration