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Frontiers in biomolecular mesh generation and molecular visualization systems 期刊论文
Visual Computing for Industry, Biomedicine, and Art, 2018, 卷号: 1, 期号: 1
作者:  Gui,Sheng;  Khan,Dawar;  Wang,Qin;  Yan,Dong-Ming;  Lu,Ben-Zhuo
收藏  |  浏览/下载：164/0  |  提交时间：2018/10/07
Biomolecular mesh generation  Remeshing  BEM  FEM  Molecular visualization  
A Time-Dependent Finite Element Algorithm for Simulations of Ion Current Rectification and Hysteresis Properties of 3D Nanopore System 期刊论文
IEEE TRANSACTIONS ON NANOTECHNOLOGY, 2018, 卷号: 17, 期号: 3, 页码: 513-519
作者:  Xu, Jingjie;  Lu, Benzhuo;  Zhang, Linbo
收藏  |  浏览/下载：164/0  |  提交时间：2018/07/30
3D nanopore  analytical test  backward Euler  FEM  ICR  numerical simulation  PNP equations  varying voltage  
A Multi-Time-Step Finite Element Algorithm for 3-D Simulation of Coupled Drift-Diffusion Reaction Process in Total Ionizing Dose Effect 期刊论文
IEEE TRANSACTIONS ON SEMICONDUCTOR MANUFACTURING, 2018, 卷号: 31, 期号: 1, 页码: 183-189
作者:  Xu, Jingjie;  Ma, Zhaocan;  Li, Hongliang;  Song, Yu;  Zhang, Linbo;  Lu, Benzhuo
收藏  |  浏览/下载：168/0  |  提交时间：2018/07/30
Drift-diffusion reaction  ELDRS  finite element method  multi-time-step algorithm  TID  
EFFICIENT AND QUALIFIED MESH GENERATION FOR GAUSSIAN MOLECULAR SURFACE USING ADAPTIVE PARTITION AND PIECEWISE POLYNOMIAL APPROXIMATION 期刊论文
SIAM JOURNAL ON SCIENTIFIC COMPUTING, 2018, 卷号: 40, 期号: 2, 页码: B507-B527
作者:  Liu, Tiantian;  Chen, Minxin;  Lu, Benzhuo
收藏  |  浏览/下载：162/0  |  提交时间：2018/07/30
surface mesh generation  Gaussian surface  triangulation  adaptive partition  trilinear polynomial  
A Local Approximation of Fundamental Measure Theory Incorporated into Three Dimensional Poisson-Nernst-Planck Equations to Account for Hard Sphere Repulsion Among Ions 期刊论文
JOURNAL OF STATISTICAL PHYSICS, 2016, 卷号: 163, 期号: 1, 页码: 156-174
作者:  Qiao, Yu;  Liu, Xuejiao;  Chen, Minxin;  Lu, Benzhuo
收藏  |  浏览/下载：149/0  |  提交时间：2018/07/30
Hard sphere repulsion  Three dimensional fundamental measure theory  Poisson-Nernst-Planck equations  Size-modified PNP  Equation of state  
Automated Parallel and Body-Fitted Mesh Generation in Finite Element Simulation of Macromolecular Systems 期刊论文
COMMUNICATIONS IN COMPUTATIONAL PHYSICS, 2016, 卷号: 19, 期号: 3, 页码: 582-602
作者:  Xie, Yan;  Liu, Tiantian;  Tu, Bin;  Lu, Benzhuo;  Zhang, Linbo
收藏  |  浏览/下载：107/0  |  提交时间：2018/07/30
Parallel mesh generation  body-fitted  PHG  biomolecules  finite element simulation  
improvementsincontinuummodelingforbiomolecularsystems 期刊论文
chinesephysicsb, 2016, 卷号: 25, 期号: 1
作者:  Qiao Yu;  Lu Benzhuo
收藏  |  浏览/下载：104/0  |  提交时间：2020/01/10
TMSmesh: A Robust Method for Molecular Surface Mesh Generation Using a Trace Technique 期刊论文
JOURNAL OF CHEMICAL THEORY AND COMPUTATION, 2011, 卷号: 7, 期号: 1, 页码: 203-212
作者:  Chen, Minxin;  Lu, Benzhuo
收藏  |  浏览/下载：95/0  |  提交时间：2018/07/30
AFMPB: An adaptive fast multipole, Poisson-Boltzmann solver for calculating electrostatics in biomolecular systems 期刊论文
COMPUTER PHYSICS COMMUNICATIONS, 2010, 卷号: 181, 期号: 6, 页码: 1150-1160
作者:  Lu, Benzhuo;  Cheng, Xiaolin;  Huang, Jingfang;  McCammon, J. Andrew
收藏  |  浏览/下载：133/0  |  提交时间：2018/07/30
Poisson-Boltzmann equation  Boundary integral equation  Node-patch method  Krylov subspace methods  Fast multipole methods  Diagonal translations