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EFFICIENT GENERATION OF MEMBRANE AND SOLVENT TETRAHEDRAL MESHES FOR ION CHANNEL FINITE ELEMENT CALCULATION 期刊论文
INTERNATIONAL JOURNAL OF NUMERICAL ANALYSIS AND MODELING, 2022, 卷号: 19, 期号: 6, 页码: 887-906
作者:  Chao, Zhen;  Gui, Sheng;  Lu, Benzhuo;  Xie, Dexuan
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Finite element method  Poisson-Nernst-Planck equations  ion channel  membrane mesh generation  tetrahedral mesh  
Frontiers in biomolecular mesh generation and molecular visualization systems 期刊论文
Visual Computing for Industry, Biomedicine, and Art, 2018, 卷号: 1, 期号: 1
作者:  Gui,Sheng;  Khan,Dawar;  Wang,Qin;  Yan,Dong-Ming;  Lu,Ben-Zhuo
收藏  |  浏览/下载：164/0  |  提交时间：2018/10/07
Biomolecular mesh generation  Remeshing  BEM  FEM  Molecular visualization  
Molecular Surface Remeshing with Local Region Refinement 期刊论文
INTERNATIONAL JOURNAL OF MOLECULAR SCIENCES, 2018, 卷号: 19, 期号: 5, 页码: 20
作者:  Khan, Dawar;  Yan, Dong-Ming;  Gui, Sheng;  Lu, Benzhuo;  Zhang, Xiaopeng
收藏  |  浏览/下载：178/0  |  提交时间：2018/07/30
molecular surface mesh  molecular simulation  meshing quality  finite element method  
EFFICIENT AND QUALIFIED MESH GENERATION FOR GAUSSIAN MOLECULAR SURFACE USING ADAPTIVE PARTITION AND PIECEWISE POLYNOMIAL APPROXIMATION 期刊论文
SIAM JOURNAL ON SCIENTIFIC COMPUTING, 2018, 卷号: 40, 期号: 2, 页码: B507-B527
作者:  Liu, Tiantian;  Chen, Minxin;  Lu, Benzhuo
收藏  |  浏览/下载：162/0  |  提交时间：2018/07/30
surface mesh generation  Gaussian surface  triangulation  adaptive partition  trilinear polynomial  
Rigorous assessment and integration of the sequence and structure based features to predict hot spots 期刊论文
BMC BIOINFORMATICS, 2011, 卷号: 12, 页码: 14
作者:  Chen, Ruoying;  Chen, Wenjing;  Yang, Sixiao;  Wu, Di;  Wang, Yong;  Tian, Yingjie;  Shi, Yong
收藏  |  浏览/下载：128/0  |  提交时间：2018/07/30
TMSmesh: A Robust Method for Molecular Surface Mesh Generation Using a Trace Technique 期刊论文
JOURNAL OF CHEMICAL THEORY AND COMPUTATION, 2011, 卷号: 7, 期号: 1, 页码: 203-212
作者:  Chen, Minxin;  Lu, Benzhuo
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Poisson-Nernst-Planck equations for simulating biomolecular diffusion-reaction processes I: Finite element solutions 期刊论文
JOURNAL OF COMPUTATIONAL PHYSICS, 2010, 卷号: 229, 期号: 19, 页码: 6979-6994
作者:  Lu, Benzhuo;  Holst, Michael J.;  McCammon, J. Andrew;  Zhou, Y. C.
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Electrodiffusion  Poisson-Nernst-Planck equations  Finite element  Singular charges  Molecular surface  Boundary condition  Conditioning  
Image Charge Methods for a Three-Dielectric-Layer Hybrid Solvation Model of Biomolecules 期刊论文
COMMUNICATIONS IN COMPUTATIONAL PHYSICS, 2009, 卷号: 6, 期号: 5, 页码: 955-977
作者:  Qin, Peihua;  Xu, Zhenli;  Cai, Wei;  Jacobs, Donald
收藏  |  浏览/下载：113/0  |  提交时间：2018/07/30
Image charge methods  distance-dependent dielectric permittivity  hybrid implicit/explicit model  reaction field  Poisson-Boltzmann equation  protein  
Modified Bernoulli iteration methods for quadratic matrix equation 期刊论文
JOURNAL OF COMPUTATIONAL MATHEMATICS, 2007, 卷号: 25, 期号: 5, 页码: 498-511
作者:  Bai, Zhong-Zhi;  Gao, Yong-Hua
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quadratic matrix equation  quadratic eigenvalue problem  solvent  Bernoulli's iteration  Newton's method  local convergence