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Group-Sparse SVD Models via L-1- and L-0-norm Penalties and their Applications in Biological Data 期刊论文
IEEE TRANSACTIONS ON KNOWLEDGE AND DATA ENGINEERING, 2021, 卷号: 33, 期号: 2, 页码: 536-550
作者:  Min, Wenwen;  Liu, Juan;  Zhang, Shihua
收藏  |  浏览/下载：181/0  |  提交时间：2021/04/26
Sparse SVD  low-rank matrix decomposition  group-sparse penalty  overlapping group-sparse penalty  coordinate descent method  alternating direction method of multipliers (ADMM)  data mining  
Comparison of Computational Methods for Imputing Single-Cell RNA-Sequencing Data 期刊论文
IEEE-ACM TRANSACTIONS ON COMPUTATIONAL BIOLOGY AND BIOINFORMATICS, 2020, 卷号: 17, 期号: 2, 页码: 376-389
作者:  Zhang, Lihua;  Zhang, Shihua
收藏  |  浏览/下载：174/0  |  提交时间：2020/05/24
Gene expression  Sequential analysis  Bioinformatics  RNA  Matrix converters  Computational biology  Bayes methods  Single-cell RNA-sequencing technique  dropout event  imputation  algorithm  bioinformatics  
Reveal cell type-specific regulatory elements and their characterized histone code classes via a hidden Markov model 期刊论文
BMC GENOMICS, 2018, 卷号: 19, 页码: 13
作者:  Wang, Can;  Zhang, Shihua
收藏  |  浏览/下载：261/0  |  提交时间：2019/01/11
Epigenomics  Cell type-specific regulatory elements  Hidden Markov model  Histone modification  
Edge-group sparse PCA for network-guided high dimensional data analysis 期刊论文
BIOINFORMATICS, 2018, 卷号: 34, 期号: 20, 页码: 3479-3487
作者:  Min, Wenwen;  Liu, Juan;  Zhang, Shihua
收藏  |  浏览/下载：196/0  |  提交时间：2019/01/11
Matrix Integrative Analysis (MIA) of Multiple Genomic Data for Modular Patterns 期刊论文
FRONTIERS IN GENETICS, 2018, 卷号: 9, 页码: 12
作者:  Chen, Jinyu;  Zhang, Shihua
收藏  |  浏览/下载：187/0  |  提交时间：2018/07/30
bioinformatics  multi-dimensional genomics  matrix integrative analysis  data integration  module discovery  non-negative matrix factorization (NMF)  partial least squares (PLS)  
MSIQ: JOINT MODELING OF MULTIPLE RNA-SEQ SAMPLES FOR ACCURATE ISOFORM QUANTIFICATION 期刊论文
ANNALS OF APPLIED STATISTICS, 2018, 卷号: 12, 期号: 1, 页码: 510-539
作者:  Li, Wei Vivian;  Zhao, Anqi;  Zhang, Shihua;  Li, Jingyi Jessica
收藏  |  浏览/下载：211/0  |  提交时间：2018/07/30
Isoform abundance estimation  joint inference from multiple samples  RNA sequencing  Bayesian hierarchical models  Gibbs sampling  data heterogeneity