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A linear programming model based on network flow for pathway inference 期刊论文
JOURNAL OF SYSTEMS SCIENCE & COMPLEXITY, 2010, 卷号: 23, 期号: 5, 页码: 971-977
作者:  Ren, Xianwen;  Zhang, Xiang-Sun
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Gene expression  linear programming  network flow  pathway inference  protein interaction network  
Understanding inhibition of viral proteins on type I IFN signaling pathways with modeling and optimization 期刊论文
JOURNAL OF THEORETICAL BIOLOGY, 2010, 卷号: 265, 期号: 4, 页码: 691-703
作者:  Zou, Xiufen;  Xiang, Xueshuang;  Chen, Yan;  Peng, Tao;  Luo, Xuelian;  Pan, Zishu
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Mathematical model  Genetic algorithm  Signaling pathway  Type I interferons  Virus  
Reverse engineering large-scale genetic networks: synthetic versus real data 期刊论文
JOURNAL OF GENETICS, 2010, 卷号: 89, 期号: 1, 页码: 73-80
作者:  Zhang, Luwen;  Xiao, Mei;  Wang, Yong;  Zhang, Wu
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gene regulatory network  single gene perturbation  linear model  stepwise  simulated network  
Assessment of cell number for a multinomial distribution with application to genomic data 期刊论文
METRIKA, 2010, 卷号: 71, 期号: 2, 页码: 151-164
作者:  Li, Qizhai;  Li, Guoying;  Xiong, Shifeng
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Multinomial distribution  Quadratic programming  Gene expression  Expression abundance  Expression sequence tags  
Detecting disease associated modules and prioritizing active genes based on high throughput data 期刊论文
BMC BIOINFORMATICS, 2010, 卷号: 11, 页码: 12
作者:  Qiu, Yu-Qing;  Zhang, Shihua;  Zhang, Xiang-Sun;  Chen, Luonan
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Binary matrix factorization for analyzing gene expression data 期刊论文
DATA MINING AND KNOWLEDGE DISCOVERY, 2010, 卷号: 20, 期号: 1, 页码: 28-52
作者:  Zhang, Zhong-Yuan;  Li, Tao;  Ding, Chris;  Ren, Xian-Wen;  Zhang, Xiang-Sun
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Biclustering  Non-negative matrix factorization  Boundedness property of NMF  Binary matrix