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中国科学院数学与系统科学研究院机构知识库
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资助项目:Key Research Program of the Chinese Academy of Sciences[KFZD-SW-219]
作者:张世华
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An Integrative Framework for Combining Sequence and Epigenomic Data to Predict Transcription Factor Binding Sites Using Deep Learning
期刊论文
IEEE-ACM TRANSACTIONS ON COMPUTATIONAL BIOLOGY AND BIOINFORMATICS, 2021, 卷号: 18, 期号: 1, 页码: 355-364
作者:
Jing, Fang
;
Zhang, Shao-Wu
;
Cao, Zhen
;
Zhang, Shihua
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提交时间:2021/04/26
Bioinformatics
machine learning
transcription factors binding sites
convolutional neural networks
DNA accessibility
histone modification
Prediction of enhancer-promoter interactions using the cross-cell type information and domain adversarial neural network
期刊论文
BMC BIOINFORMATICS, 2020, 卷号: 21, 期号: 1, 页码: 16
作者:
Jing, Fang
;
Zhang, Shao-Wu
;
Zhang, Shihua
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浏览/下载:156/0
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提交时间:2021/01/14
Enhancer–
promoter interactions
Cell line
Convolutional neural network
Transfer learning
Gradient reversal layer
Comparison of Computational Methods for Imputing Single-Cell RNA-Sequencing Data
期刊论文
IEEE-ACM TRANSACTIONS ON COMPUTATIONAL BIOLOGY AND BIOINFORMATICS, 2020, 卷号: 17, 期号: 2, 页码: 376-389
作者:
Zhang, Lihua
;
Zhang, Shihua
收藏
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浏览/下载:179/0
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提交时间:2020/05/24
Gene expression
Sequential analysis
Bioinformatics
RNA
Matrix converters
Computational biology
Bayes methods
Single-cell RNA-sequencing technique
dropout event
imputation
algorithm
bioinformatics
Probe Efficient Feature Representation of Gapped K-mer Frequency Vectors from Sequences Using Deep Neural Networks
期刊论文
IEEE-ACM TRANSACTIONS ON COMPUTATIONAL BIOLOGY AND BIOINFORMATICS, 2020, 卷号: 17, 期号: 2, 页码: 657-667
作者:
Cao, Zhen
;
Zhang, Shihua
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浏览/下载:207/0
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提交时间:2020/05/24
DNA
Bioinformatics
Kernel
Feature extraction
Support vector machines
Genomics
Task analysis
Bioinformatics
machine learning
gapped k-mer
deep neural network
transcription factor binding site prediction
Simple tricks of convolutional neural network architectures improve DNA-protein binding prediction
期刊论文
BIOINFORMATICS, 2019, 卷号: 35, 期号: 11, 页码: 1837-1843
作者:
Cao, Zhen
;
Zhang, Shihua
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浏览/下载:198/0
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提交时间:2020/01/10
Edge-group sparse PCA for network-guided high dimensional data analysis
期刊论文
BIOINFORMATICS, 2018, 卷号: 34, 期号: 20, 页码: 3479-3487
作者:
Min, Wenwen
;
Liu, Juan
;
Zhang, Shihua
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提交时间:2019/01/11