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A Local Approximation of Fundamental Measure Theory Incorporated into Three Dimensional Poisson-Nernst-Planck Equations to Account for Hard Sphere Repulsion Among Ions 期刊论文
JOURNAL OF STATISTICAL PHYSICS, 2016, 卷号: 163, 期号: 1, 页码: 156-174
作者:  Qiao, Yu;  Liu, Xuejiao;  Chen, Minxin;  Lu, Benzhuo
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Hard sphere repulsion  Three dimensional fundamental measure theory  Poisson-Nernst-Planck equations  Size-modified PNP  Equation of state  
Automated Parallel and Body-Fitted Mesh Generation in Finite Element Simulation of Macromolecular Systems 期刊论文
COMMUNICATIONS IN COMPUTATIONAL PHYSICS, 2016, 卷号: 19, 期号: 3, 页码: 582-602
作者:  Xie, Yan;  Liu, Tiantian;  Tu, Bin;  Lu, Benzhuo;  Zhang, Linbo
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Parallel mesh generation  body-fitted  PHG  biomolecules  finite element simulation  
Poisson-Nernst-Planck Equations for Simulating Biomolecular Diffusion-Reaction Processes II: Size Effects on Ionic Distributions and Diffusion-Reaction Rates 期刊论文
BIOPHYSICAL JOURNAL, 2011, 卷号: 100, 期号: 10, 页码: 2475-2485
作者:  Lu, Benzhuo;  Zhou, Y. C.
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TMSmesh: A Robust Method for Molecular Surface Mesh Generation Using a Trace Technique 期刊论文
JOURNAL OF CHEMICAL THEORY AND COMPUTATION, 2011, 卷号: 7, 期号: 1, 页码: 203-212
作者:  Chen, Minxin;  Lu, Benzhuo
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Continuum electromechanical modeling of protein-membrane interactions 期刊论文
PHYSICAL REVIEW E, 2010, 卷号: 82, 期号: 4, 页码: 5
作者:  Zhou, Y. C.;  Lu, Benzhuo;  Gorfe, Alemayehu A.
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Poisson-Nernst-Planck equations for simulating biomolecular diffusion-reaction processes I: Finite element solutions 期刊论文
JOURNAL OF COMPUTATIONAL PHYSICS, 2010, 卷号: 229, 期号: 19, 页码: 6979-6994
作者:  Lu, Benzhuo;  Holst, Michael J.;  McCammon, J. Andrew;  Zhou, Y. C.
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Electrodiffusion  Poisson-Nernst-Planck equations  Finite element  Singular charges  Molecular surface  Boundary condition  Conditioning  
AFMPB: An adaptive fast multipole, Poisson-Boltzmann solver for calculating electrostatics in biomolecular systems 期刊论文
COMPUTER PHYSICS COMMUNICATIONS, 2010, 卷号: 181, 期号: 6, 页码: 1150-1160
作者:  Lu, Benzhuo;  Cheng, Xiaolin;  Huang, Jingfang;  McCammon, J. Andrew
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Poisson-Boltzmann equation  Boundary integral equation  Node-patch method  Krylov subspace methods  Fast multipole methods  Diagonal translations  
A computational study of ion conductance in the KcsA K+ channel using a Nernst-Planck model with explicit resident ions 期刊论文
JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS, 2009, 卷号: 131, 期号: 21, 页码: 10
作者:  Jung, Yong-Woon;  Lu, Benzhuo;  Mascagni, Michael
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