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An Integrative Framework for Combining Sequence and Epigenomic Data to Predict Transcription Factor Binding Sites Using Deep Learning 期刊论文
IEEE-ACM TRANSACTIONS ON COMPUTATIONAL BIOLOGY AND BIOINFORMATICS, 2021, 卷号: 18, 期号: 1, 页码: 355-364
作者:  Jing, Fang;  Zhang, Shao-Wu;  Cao, Zhen;  Zhang, Shihua
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Bioinformatics  machine learning  transcription factors binding sites  convolutional neural networks  DNA accessibility  histone modification  
MSIQ: JOINT MODELING OF MULTIPLE RNA-SEQ SAMPLES FOR ACCURATE ISOFORM QUANTIFICATION 期刊论文
ANNALS OF APPLIED STATISTICS, 2018, 卷号: 12, 期号: 1, 页码: 510-539
作者:  Li, Wei Vivian;  Zhao, Anqi;  Zhang, Shihua;  Li, Jingyi Jessica
收藏  |  浏览/下载：200/0  |  提交时间：2018/07/30
Isoform abundance estimation  joint inference from multiple samples  RNA sequencing  Bayesian hierarchical models  Gibbs sampling  data heterogeneity  
Determining modular organization of protein interaction networks by maximizing modularity density 期刊论文
BMC SYSTEMS BIOLOGY, 2010, 卷号: 4, 页码: 12
作者:  Zhang, Shihua;  Ning, Xue-Mei;  Ding, Chris;  Zhang, Xiang-Sun
收藏  |  浏览/下载：142/0  |  提交时间：2018/07/30