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缺失数据下蛋白质多结构叠加的迭代方法
路建波1; 高华方1; 张世华2; 卢本卓2; 马旭1
2017
Source Publication中国生物化学与分子生物学报
ISSN1007-7626
Volume33Issue:6Pages:630
Abstract蛋白质三维结构叠加面临的主要问题是,参与叠加的目标蛋白质的氨基酸残基存在某些缺失,但是多结构叠加方法却大多数需要完整的氨基酸序列,而目前通用的方法是直接删去缺失的氨基酸序列,导致叠加结果不准确。由于同源蛋白质间结构的相似性,因此,一个蛋白质结构中缺失的某个区域,可能存在于另一个同源蛋白质结构中。基于此,本文提出一种新的、简单、有效的缺失数据下的蛋白质结构叠加方法(ITEMDM) 。该方法采用缺失数据的迭代思想计算蛋白质的结构叠加,采用优化的最小二乘算法结合矩阵SVD分解方法,求旋转矩阵和平移向量。用该方法成功叠加了细胞色素C家族的蛋白质和标准Fischer's数据库的蛋白质(67对蛋白质),并且与其他方法进行了比较。数值实验表明,本算法有如下优点: ①与THESEUS算法相比较,运行时间快,迭代次数少; ②与PSSM算法相比较,结果准确,运算时间少。结果表明,该方法可以更好地叠加缺失数据的蛋白质三维结构。
Language英语
Document Type期刊论文
Identifierhttp://ir.amss.ac.cn/handle/2S8OKBNM/47556
Collection应用数学研究所
计算数学与科学工程计算研究所
Affiliation1.国家卫生和计划生育委员会科学技术研究所
2.中国科学院数学与系统科学研究院
Recommended Citation
GB/T 7714
路建波,高华方,张世华,等. 缺失数据下蛋白质多结构叠加的迭代方法[J]. 中国生物化学与分子生物学报,2017,33(6):630.
APA 路建波,高华方,张世华,卢本卓,&马旭.(2017).缺失数据下蛋白质多结构叠加的迭代方法.中国生物化学与分子生物学报,33(6),630.
MLA 路建波,et al."缺失数据下蛋白质多结构叠加的迭代方法".中国生物化学与分子生物学报 33.6(2017):630.
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