KMS Of Academy of mathematics and systems sciences, CAS
| 基于高斯曲率的蛋白质嵌入到对称低温电镜密度图的方法 | |
路建波1; 高华方1; 卢本卓2 ; 马旭1
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| 2017-01-01 | |
| 发表期刊 | 北京工业大学学报
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| ISSN | 0254-0037 |
| 卷号 | 043期号:012页码:1881 |
| 摘要 | 为了解决低温电镜三维重构得到的对称生物大分子三维结构分辨率低的问题,提出一种新的基于高斯曲率计算的自动化的方法.通过计算生物分子表面的高斯曲率和优化模型等数学方法把单个蛋白质或其他亚基嵌入到对称的低温电镜密度图中,通过计算蛋白质和对称低温电镜密度图的离散高斯曲率来定义特征点,对低温电镜密度图,利用K-means分类来定义相应的特征点.用均方根偏差值、曲率的交叉关联系数和优化模型来匹配对应的特征点,用最小二乘法计算旋转矩阵和平移向量.最后,用同样的方法把其他部分也嵌入到对称的生物大分子中.给出了椭球体x^2＋y^2/2＋z^2/3=1的解析高斯曲率和数值计算的高斯曲率的比较、蛋白质1DOR的高斯曲率计算和特征点的计算结果、蛋白质1DOR和2REC的分子装配结果可视化.数值实验结果表明所提出来的一系列的方法是准确和有效的. |
| 语种 | 英语 |
| 文献类型 | 期刊论文 |
| 条目标识符 | http://ir.amss.ac.cn/handle/2S8OKBNM/39975 |
| 专题 | 计算数学与科学工程计算研究所 |
| 作者单位 | 1.国家卫生和计划生育委员会科学技术研究所 2.中国科学院数学与系统科学研究院 |
| 推荐引用方式 GB/T 7714 | 路建波,高华方,卢本卓,等. 基于高斯曲率的蛋白质嵌入到对称低温电镜密度图的方法[J]. 北京工业大学学报,2017,043(012):1881. |
| APA | 路建波,高华方,卢本卓,&马旭.(2017).基于高斯曲率的蛋白质嵌入到对称低温电镜密度图的方法.北京工业大学学报,043(012),1881. |
| MLA | 路建波,et al."基于高斯曲率的蛋白质嵌入到对称低温电镜密度图的方法".北京工业大学学报 043.012(2017):1881. |
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