KMS Of Academy of mathematics and systems sciences, CAS
| 一个基于phg平台的并行有限元生物分子模拟解法器 | |
许竞劼; 谢妍; 卢本卓
| |
| 2016 | |
| 发表期刊 | 数值计算与计算机应用
 |
| ISSN | 1000-3266 |
| 卷号 | 37期号:1页码:67 |
| 摘要 | 本文介绍一个面向生物分子模拟的并行有限元解法器,该解法器基于三维并行自适应有限元软件平台PHG,计算并模拟在生物溶液系统在静电场下的扩散过程.该解法器的最新版本在已有算法的基础上,添加了整体求解、含时求解等一些新算法,规范并扩展了边界条件的选取,并整合多项辅助功能,现提供对于Poisson-Nernst-Planck (PNP)方程的两个含时算法和四个稳态算法,以及对于Smoluchowski-Poisson-Boltzmann (SPB)方程的一个稳态算法.解法器可模拟生物分子,离子通道和纳米管等模型,通过有限元方法计算静电场和离子浓度分布,并计算电流强度、反应速率等物理量,可研究离子通道的选择机理,酶的催化反应过程及反应速率等问题.相关软件、工具和进展见www.continuummodel.org. |
| 语种 | 英语 |
| 文献类型 | 期刊论文 |
| 条目标识符 | http://ir.amss.ac.cn/handle/2S8OKBNM/38908 |
| 专题 | 计算数学与科学工程计算研究所 |
| 作者单位 | 中国科学院数学与系统科学研究院 |
| 推荐引用方式 GB/T 7714 | 许竞劼,谢妍,卢本卓. 一个基于phg平台的并行有限元生物分子模拟解法器[J]. 数值计算与计算机应用,2016,37(1):67. |
| APA | 许竞劼,谢妍,&卢本卓.(2016).一个基于phg平台的并行有限元生物分子模拟解法器.数值计算与计算机应用,37(1),67. |
| MLA | 许竞劼,et al."一个基于phg平台的并行有限元生物分子模拟解法器".数值计算与计算机应用 37.1(2016):67. |
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