改进的自组织映射（SOM）蛋白质折叠算法和计算实现

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	改进的自组织映射（SOM）蛋白质折叠算法和计算实现
其他题名	IMPROVED SELF-ORGANIZING MAP ALGORITHM FOR PROTEIN FOLDING AND ITS REALIZATION
	王勇; 詹钟炜; 吴凌云; 章祥荪
	2005
发表期刊	系统科学与数学
ISSN	1000-0577
卷号	25.0 期号:005 页码:562-573
摘要	蛋白质结构预测是生物信息学中的重要研究方向．为了研究蛋白质折叠的机理，人们引入了只考虑蛋白质疏水核心和亲水外围位置导致能量差别的简化HP模型。即使是求解二维HP模型已被证明是一个NP完全问题，因此需要设计有效的近似算法来求解较大规模的HP模型．从旅行商问题（TSP）的求解看，自组织映射是构造近似算法的有效工具．本文将归一化的F—W自组织模型应用到蛋白质二维HP问题的求解中，结合为克服多重映射构造的局部线搜索算法．数值试验表明，该算法改进了现有的HP模型的SOM求解算法，只需很少的迭代步数就能找到最低能量构象．这一改进算法可以成为进一步研究的基础．
其他摘要	Protein structure prediction is one of the main research topics in bioinformatics. A simple exact HP model is introduced in order to go deep into the principles of the protein folding, which only considers the energy difference caused by the hydrophobic core and polar periphery. It has been proved that this problem is NP-complete and the right way is looking for approximate solution. In this paper a normalized F-W SOM algorithm is constructed for the two dimensional HP model of protein folding, inspired by the efficient behavior of SOM in solving the classical Traveling Salesman Problem overcome the multi-mapping phenomenon. the existed SOM algorithm for HP model less iterations. （TSP）. Also a local search method is designed to Numerical results show that this algorithm improves and can find the minimum energy configuration in
关键词	自组织映射蛋白质折叠算法 HP模型搜索算法迭代步数
收录类别	CSCD
语种	中文
CSCD记录号	CSCD:2134394
引用统计
文献类型	期刊论文
条目标识符	http://ir.amss.ac.cn/handle/2S8OKBNM/56853
专题	应用数学研究所
作者单位	中国科学院数学与系统科学研究院
推荐引用方式 GB/T 7714	王勇,詹钟炜,吴凌云,等. 改进的自组织映射（SOM）蛋白质折叠算法和计算实现[J]. 系统科学与数学,2005,25.0(005):562-573.
APA	王勇,詹钟炜,吴凌云,&章祥荪.(2005).改进的自组织映射（SOM）蛋白质折叠算法和计算实现.系统科学与数学,25.0(005),562-573.
MLA	王勇,et al."改进的自组织映射（SOM）蛋白质折叠算法和计算实现".系统科学与数学 25.0.005(2005):562-573.