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Disease category-specific annotation of variants using an ensemble learning framework 期刊论文
BRIEFINGS IN BIOINFORMATICS, 2022, 卷号: 23, 期号: 1, 页码: 15
作者:  Cao, Zhen;  Huang, Yanting;  Duan, Ran;  Jin, Peng;  Qin, Zhaohui S.;  Zhang, Shihua
收藏  |  浏览/下载：111/0  |  提交时间：2022/06/21
complex disease  disease category  functional annotation  non-coding variant  ensemble learning  
Manifold alignment for heterogeneous single-cell multi-omics data integration using Pamona 期刊论文
BIOINFORMATICS, 2022, 卷号: 38, 期号: 1, 页码: 211-219
作者:  Cao, Kai;  Hong, Yiguang;  Wan, Lin
收藏  |  浏览/下载：143/0  |  提交时间：2022/04/02
Network diffusion for scalable embedding of massive single-cell ATAC-seq data 期刊论文
SCIENCE BULLETIN, 2021, 卷号: 66, 期号: 22, 页码: 2271-2276
作者:  Dong, Kangning;  Zhang, Shihua
收藏  |  浏览/下载：114/0  |  提交时间：2022/04/02
Joint reconstruction of cis-regulatory interaction networks across multiple tissues using single-cell chromatin accessibility data 期刊论文
BRIEFINGS IN BIOINFORMATICS, 2021, 卷号: 22, 期号: 3, 页码: 15
作者:  Dong, Kangning;  Zhang, Shihua
收藏  |  浏览/下载：113/0  |  提交时间：2022/04/02
cis-regulatory interaction networks  single-cell ATAC-seq  Gaussian graphical LASSO  
Imputing single-cell RNA-seq data by considering cell heterogeneity and prior expression of dropouts 期刊论文
JOURNAL OF MOLECULAR CELL BIOLOGY, 2021, 卷号: 13, 期号: 1, 页码: 29-40
作者:  Zhang, Lihua;  Zhang, Shihua
收藏  |  浏览/下载：125/0  |  提交时间：2021/10/26
single-cell RNA-seq  dropout  imputation  low-rank  systems biology  
NeuralEE: A GPU-Accelerated Elastic Embedding Dimensionality Reduction Method for Visualizing Large-Scale scRNA-Seq Data 期刊论文
FRONTIERS IN GENETICS, 2020, 卷号: 11, 页码: 8
作者:  Xiong, Jiankang;  Gong, Fuzhou;  Wan, Lin;  Ma, Liang
收藏  |  浏览/下载：165/0  |  提交时间：2021/01/14
single-cell RNA sequencing  elastic embedding  neural networks  large-scale  stochastic optimization  parametric models  generalizable models