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Prediction of the transcription factor binding sites with meta-learning 期刊论文
METHODS, 2022, 卷号: 203, 页码: 207-213
作者:  Jing, Fang;  Zhang, Shao-Wu;  Zhang, Shihua
收藏  |  浏览/下载：160/0  |  提交时间：2023/02/07
Convolution neural network  Transcription factor binding sites  Meta learning  Noisy labels data  
Adversarial Information Bottleneck 期刊论文
IEEE TRANSACTIONS ON NEURAL NETWORKS AND LEARNING SYSTEMS, 2022, 页码: 10
作者:  Zhai, Penglong;  Zhang, Shihua
收藏  |  浏览/下载：51/0  |  提交时间：2023/02/07
Robustness  Optimization  Mutual information  Deep learning  Perturbation methods  Training  Task analysis  Adversarial robustness  deep learning  hyperparameter selection  information bottleneck (IB)  
Deciphering spatial domains from spatially resolved transcriptomics with an adaptive graph attention auto-encoder 期刊论文
NATURE COMMUNICATIONS, 2022, 卷号: 13, 期号: 1, 页码: 12
作者:  Dong, Kangning;  Zhang, Shihua
收藏  |  浏览/下载：99/0  |  提交时间：2022/06/21
Disease category-specific annotation of variants using an ensemble learning framework 期刊论文
BRIEFINGS IN BIOINFORMATICS, 2022, 卷号: 23, 期号: 1, 页码: 15
作者:  Cao, Zhen;  Huang, Yanting;  Duan, Ran;  Jin, Peng;  Qin, Zhaohui S.;  Zhang, Shihua
收藏  |  浏览/下载：108/0  |  提交时间：2022/06/21
complex disease  disease category  functional annotation  non-coding variant  ensemble learning  
Network diffusion for scalable embedding of massive single-cell ATAC-seq data 期刊论文
SCIENCE BULLETIN, 2021, 卷号: 66, 期号: 22, 页码: 2271-2276
作者:  Dong, Kangning;  Zhang, Shihua
收藏  |  浏览/下载：113/0  |  提交时间：2022/04/02
Approximate distance correlation for selecting highly interrelated genes across datasets 期刊论文
PLOS COMPUTATIONAL BIOLOGY, 2021, 卷号: 17, 期号: 11, 页码: 18
作者:  Shen, Qunlun;  Zhang, Shihua
收藏  |  浏览/下载：114/0  |  提交时间：2022/04/02
Robust Bayesian matrix decomposition with mixture of Gaussian noise 期刊论文
NEUROCOMPUTING, 2021, 卷号: 449, 页码: 108-116
作者:  Wang, Haohui;  Zhang, Chihao;  Zhang, Shihua
收藏  |  浏览/下载：140/0  |  提交时间：2021/10/26
Bayesian method  Matrix decomposition  Maximum a posterior  Mixture of Gaussians  
Joint reconstruction of cis-regulatory interaction networks across multiple tissues using single-cell chromatin accessibility data 期刊论文
BRIEFINGS IN BIOINFORMATICS, 2021, 卷号: 22, 期号: 3, 页码: 15
作者:  Dong, Kangning;  Zhang, Shihua
收藏  |  浏览/下载：111/0  |  提交时间：2022/04/02
cis-regulatory interaction networks  single-cell ATAC-seq  Gaussian graphical LASSO  
Bayesian Joint Matrix Decomposition for Data Integration with Heterogeneous Noise 期刊论文
IEEE TRANSACTIONS ON PATTERN ANALYSIS AND MACHINE INTELLIGENCE, 2021, 卷号: 43, 期号: 4, 页码: 1184-1196
作者:  Zhang, Chihao;  Zhang, Shihua
收藏  |  浏览/下载：174/0  |  提交时间：2021/04/26
Matrix decomposition  Bayes methods  Data integration  Inference algorithms  Data models  Data mining  Gaussian distribution  Bayesian methods  matrix decomposition  data integration  variational Bayesian inference  maximum a posterior  
Towards understanding residual and dilated dense neural networks via convolutional sparse coding 期刊论文
NATIONAL SCIENCE REVIEW, 2021, 卷号: 8, 期号: 3, 页码: 13
作者:  Zhang, Zhiyang;  Zhang, Shihua
收藏  |  浏览/下载：144/0  |  提交时间：2021/10/26
convolutional neural network  convolutional sparse coding  residual neural network  mixed-scale dense neural network  dilated convolution  dense connection