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NeuralEE: A GPU-Accelerated Elastic Embedding Dimensionality Reduction Method for Visualizing Large-Scale scRNA-Seq Data 期刊论文
FRONTIERS IN GENETICS, 2020, 卷号: 11, 页码: 8
作者:  Xiong, Jiankang;  Gong, Fuzhou;  Wan, Lin;  Ma, Liang
收藏  |  浏览/下载：165/0  |  提交时间：2021/01/14
single-cell RNA sequencing  elastic embedding  neural networks  large-scale  stochastic optimization  parametric models  generalizable models  
RobustClone: a robust PCA method for tumor clone and evolution inference from single-cell sequencing data 期刊论文
BIOINFORMATICS, 2020, 卷号: 36, 期号: 11, 页码: 3299-3306
作者:  Chen, Ziwei;  Gong, Fuzhou;  Wan, Lin;  Ma, Liang
收藏  |  浏览/下载：169/0  |  提交时间：2020/09/23
Statistical test of structured continuous trees based on discordance matrix 期刊论文
BIOINFORMATICS, 2019, 卷号: 35, 期号: 23, 页码: 4962-4970
作者:  Bai, Xiangqi;  Ma, Liang;  Wan, Lin
收藏  |  浏览/下载：130/0  |  提交时间：2020/05/24
Multi-scale analysis of schizophrenia risk genes, brain structure, and clinical symptoms reveals integrative clues for subtyping schizophrenia patients 期刊论文
JOURNAL OF MOLECULAR CELL BIOLOGY, 2019, 卷号: 11, 期号: 8, 页码: 678-687
作者:  Ma, Liang;  Rolls, Edmund T.;  Liu, Xiuqin;  Liu, Yuting;  Jiao, Zeyu;  Wang, Yue;  Gong, Weikang;  Ma, Zhiming;  Gong, Fuzhou;  Wan, Lin
收藏  |  浏览/下载：209/0  |  提交时间：2020/05/24
Schizophrenia  PANSS  multi-scale analysis  hot cluster  grey matter volume  pathway  
TSEE: an elastic embedding method to visualize the dynamic gene expression patterns of time series single-cell RNA sequencing data 期刊论文
BMC GENOMICS, 2019, 卷号: 20, 页码: 16
作者:  An, Shaokun;  Ma, Liang;  Wan, Lin
收藏  |  浏览/下载：182/0  |  提交时间：2019/10/28
Nonlinear dimensionality reduction  Elastic embedding  Visualization  Single-cell RNA sequencing  Time series  Cell fate decisions  Gene expression pattern  Oscillation  In-group proportion