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MIMIC: an optimization method to identify cell type-specific marker panel for cell sorting 期刊论文
BRIEFINGS IN BIOINFORMATICS, 2021, 卷号: 22, 期号: 6, 页码: 14
作者:  Zou, Meng;  Duren, Zhana;  Yuan, Qiuyue;  Li, Henry;  Hutchins, Andrew Paul;  Wong, Wing Hung;  Wang, Yong
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cell type-specific marker  TFs  surface markers  dimension reduction  hierarchical topology  
Bayesian Joint Matrix Decomposition for Data Integration with Heterogeneous Noise 期刊论文
IEEE TRANSACTIONS ON PATTERN ANALYSIS AND MACHINE INTELLIGENCE, 2021, 卷号: 43, 期号: 4, 页码: 1184-1196
作者:  Zhang, Chihao;  Zhang, Shihua
收藏  |  浏览/下载：184/0  |  提交时间：2021/04/26
Matrix decomposition  Bayes methods  Data integration  Inference algorithms  Data models  Data mining  Gaussian distribution  Bayesian methods  matrix decomposition  data integration  variational Bayesian inference  maximum a posterior  
Imputing single-cell RNA-seq data by considering cell heterogeneity and prior expression of dropouts 期刊论文
JOURNAL OF MOLECULAR CELL BIOLOGY, 2021, 卷号: 13, 期号: 1, 页码: 29-40
作者:  Zhang, Lihua;  Zhang, Shihua
收藏  |  浏览/下载：129/0  |  提交时间：2021/10/26
single-cell RNA-seq  dropout  imputation  low-rank  systems biology  
MSIQ: JOINT MODELING OF MULTIPLE RNA-SEQ SAMPLES FOR ACCURATE ISOFORM QUANTIFICATION 期刊论文
ANNALS OF APPLIED STATISTICS, 2018, 卷号: 12, 期号: 1, 页码: 510-539
作者:  Li, Wei Vivian;  Zhao, Anqi;  Zhang, Shihua;  Li, Jingyi Jessica
收藏  |  浏览/下载：193/0  |  提交时间：2018/07/30
Isoform abundance estimation  joint inference from multiple samples  RNA sequencing  Bayesian hierarchical models  Gibbs sampling  data heterogeneity  
Integrative cancer genomics: models, algorithms and analysis 期刊论文
FRONTIERS OF COMPUTER SCIENCE, 2017, 卷号: 11, 期号: 3, 页码: 392-406
作者:  Chen, Jinyu;  Zhang, Shihua
收藏  |  浏览/下载：134/0  |  提交时间：2018/07/30
cancer genomics  model  algorithm  data integration  bioinformatics  computational biology