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Probe Efficient Feature Representation of Gapped K-mer Frequency Vectors from Sequences Using Deep Neural Networks 期刊论文
IEEE-ACM TRANSACTIONS ON COMPUTATIONAL BIOLOGY AND BIOINFORMATICS, 2020, 卷号: 17, 期号: 2, 页码: 657-667
作者:  Cao, Zhen;  Zhang, Shihua
收藏  |  浏览/下载：180/0  |  提交时间：2020/05/24
DNA  Bioinformatics  Kernel  Feature extraction  Support vector machines  Genomics  Task analysis  Bioinformatics  machine learning  gapped k-mer  deep neural network  transcription factor binding site prediction  
Simple tricks of convolutional neural network architectures improve DNA-protein binding prediction 期刊论文
BIOINFORMATICS, 2019, 卷号: 35, 期号: 11, 页码: 1837-1843
作者:  Cao, Zhen;  Zhang, Shihua
收藏  |  浏览/下载：187/0  |  提交时间：2020/01/10
Network-Regularized Sparse Logistic Regression Models for Clinical Risk Prediction and Biomarker Discovery 期刊论文
IEEE-ACM TRANSACTIONS ON COMPUTATIONAL BIOLOGY AND BIOINFORMATICS, 2018, 卷号: 15, 期号: 3, 页码: 944-953
作者:  Min, Wenwen;  Liu, Juan;  Zhang, Shihua
收藏  |  浏览/下载：248/0  |  提交时间：2018/07/30
Sparse logistic regression  network-regularized penalty  survival risk prediction  feature selection