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A General Joint Matrix Factorization Framework for Data Integration and Its Systematic Algorithmic Exploration 期刊论文
IEEE TRANSACTIONS ON FUZZY SYSTEMS, 2020, 卷号: 28, 期号: 9, 页码: 1971-1983
作者:  Zhang, Lihua;  Zhang, Shihua
收藏  |  浏览/下载：146/0  |  提交时间：2021/01/14
Sparse matrices  Pattern recognition  Data integration  Prediction algorithms  Data models  Matrix decomposition  Signal processing algorithms  Bioinformatics  data integration  network-regularized constraint  nonnegative matrix factorization (NMF)  pattern recognition  
Comparison of Computational Methods for Imputing Single-Cell RNA-Sequencing Data 期刊论文
IEEE-ACM TRANSACTIONS ON COMPUTATIONAL BIOLOGY AND BIOINFORMATICS, 2020, 卷号: 17, 期号: 2, 页码: 376-389
作者:  Zhang, Lihua;  Zhang, Shihua
收藏  |  浏览/下载：162/0  |  提交时间：2020/05/24
Gene expression  Sequential analysis  Bioinformatics  RNA  Matrix converters  Computational biology  Bayes methods  Single-cell RNA-sequencing technique  dropout event  imputation  algorithm  bioinformatics  
Probe Efficient Feature Representation of Gapped K-mer Frequency Vectors from Sequences Using Deep Neural Networks 期刊论文
IEEE-ACM TRANSACTIONS ON COMPUTATIONAL BIOLOGY AND BIOINFORMATICS, 2020, 卷号: 17, 期号: 2, 页码: 657-667
作者:  Cao, Zhen;  Zhang, Shihua
收藏  |  浏览/下载：187/0  |  提交时间：2020/05/24
DNA  Bioinformatics  Kernel  Feature extraction  Support vector machines  Genomics  Task analysis  Bioinformatics  machine learning  gapped k-mer  deep neural network  transcription factor binding site prediction  
Simple tricks of convolutional neural network architectures improve DNA-protein binding prediction 期刊论文
BIOINFORMATICS, 2019, 卷号: 35, 期号: 11, 页码: 1837-1843
作者:  Cao, Zhen;  Zhang, Shihua
收藏  |  浏览/下载：189/0  |  提交时间：2020/01/10
Edge-group sparse PCA for network-guided high dimensional data analysis 期刊论文
BIOINFORMATICS, 2018, 卷号: 34, 期号: 20, 页码: 3479-3487
作者:  Min, Wenwen;  Liu, Juan;  Zhang, Shihua
收藏  |  浏览/下载：187/0  |  提交时间：2019/01/11
Matrix Integrative Analysis (MIA) of Multiple Genomic Data for Modular Patterns 期刊论文
FRONTIERS IN GENETICS, 2018, 卷号: 9, 页码: 12
作者:  Chen, Jinyu;  Zhang, Shihua
收藏  |  浏览/下载：176/0  |  提交时间：2018/07/30
bioinformatics  multi-dimensional genomics  matrix integrative analysis  data integration  module discovery  non-negative matrix factorization (NMF)  partial least squares (PLS)  
The Discovery of Mutated Driver Pathways in Cancer: Models and Algorithms 期刊论文
IEEE-ACM TRANSACTIONS ON COMPUTATIONAL BIOLOGY AND BIOINFORMATICS, 2018, 卷号: 15, 期号: 3, 页码: 988-998
作者:  Zhang, Junhua;  Zhang, Shihua
收藏  |  浏览/下载：207/0  |  提交时间：2018/07/30
Bioinformatics  cancer genomics  driver gene  driver pathway  mutual exclusivity  co-occurring mutation  
Comparative pan-cancer DNA methylation analysis reveals cancer common and specific patterns 期刊论文
BRIEFINGS IN BIOINFORMATICS, 2017, 卷号: 18, 期号: 5, 页码: 761-773
作者:  Yang, Xiaofei;  Gao, Lin;  Zhang, Shihua
收藏  |  浏览/下载：139/0  |  提交时间：2018/07/30
cancer genomics  DNA-methylation  pan-cancer study  bioinformatics  
Integrative cancer genomics: models, algorithms and analysis 期刊论文
FRONTIERS OF COMPUTER SCIENCE, 2017, 卷号: 11, 期号: 3, 页码: 392-406
作者:  Chen, Jinyu;  Zhang, Shihua
收藏  |  浏览/下载：134/0  |  提交时间：2018/07/30
cancer genomics  model  algorithm  data integration  bioinformatics  computational biology  
Integrative analysis for identifying joint modular patterns of gene-expression and drug-response data 期刊论文
BIOINFORMATICS, 2016, 卷号: 32, 期号: 11, 页码: 1724-1732
作者:  Chen, Jinyu;  Zhang, Shihua
收藏  |  浏览/下载：141/0  |  提交时间：2018/07/30