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Unsupervised topological alignment for single-cell multi-omics integration 期刊论文
BIOINFORMATICS, 2020, 卷号: 36, 页码: 48-56
作者:  Cao, Kai;  Bai, Xiangqi;  Hong, Yiguang;  Wan, Lin
收藏  |  浏览/下载：118/0  |  提交时间：2021/01/14
A Branch Point on Differentiation Trajectory is the Bifurcating Event Revealed by Dynamical Network Biomarker Analysis of Single-Cell Data 期刊论文
IEEE-ACM TRANSACTIONS ON COMPUTATIONAL BIOLOGY AND BIOINFORMATICS, 2020, 卷号: 17, 期号: 2, 页码: 366-375
作者:  Chen, Ziwei;  Bai, Xiangqi;  Ma, Liang;  Wang, Xiawei;  Liu, Xiuqin;  Liu, Yuting;  Chen, Luonan;  Wan, Lin
收藏  |  浏览/下载：172/0  |  提交时间：2020/05/24
Trajectory  Heuristic algorithms  Mice  Correlation  Reactive power  Pseudo temporal trajectory  branch point  DNB theory  reconstruction  single-cell data  bifurcation  dynamical system  
Confidence intervals for Markov chain transition probabilities based on next generation sequencing reads data 期刊论文
QUANTITATIVE BIOLOGY, 2020, 卷号: 8, 期号: 2, 页码: 143-154
作者:  Wan, Lin;  Kang, Xin;  Ren, Jie;  Sun, Fengzhu
收藏  |  浏览/下载：182/0  |  提交时间：2021/01/14
DNA  FREQUENCIES  PREDICTION  Markov chains  next generation sequencing  transition probabilities  confidence intervals  
Statistical test of structured continuous trees based on discordance matrix 期刊论文
BIOINFORMATICS, 2019, 卷号: 35, 期号: 23, 页码: 4962-4970
作者:  Bai, Xiangqi;  Ma, Liang;  Wan, Lin
收藏  |  浏览/下载：130/0  |  提交时间：2020/05/24
TSEE: an elastic embedding method to visualize the dynamic gene expression patterns of time series single-cell RNA sequencing data 期刊论文
BMC GENOMICS, 2019, 卷号: 20, 页码: 16
作者:  An, Shaokun;  Ma, Liang;  Wan, Lin
收藏  |  浏览/下载：182/0  |  提交时间：2019/10/28
Nonlinear dimensionality reduction  Elastic embedding  Visualization  Single-cell RNA sequencing  Time series  Cell fate decisions  Gene expression pattern  Oscillation  In-group proportion  
A remark on copy number variation detection methods 期刊论文
PLOS ONE, 2018, 卷号: 13, 期号: 4, 页码: 11
作者:  Li, Shuo;  Dou, Xialiang;  Gao, Ruiqi;  Ge, Xinzhou;  Qian, Minping;  Wan, Lin
收藏  |  浏览/下载：140/0  |  提交时间：2018/07/30
Estimating Phred scores of Illumina base calls by logistic regression and sparse modeling 期刊论文
BMC BIOINFORMATICS, 2017, 卷号: 18, 页码: 14
作者:  Zhang, Sheng;  Wang, Bo;  Wan, Lin;  Li, Lei M.
收藏  |  浏览/下载：132/0  |  提交时间：2018/07/30
Base-calling  Logistic regression  Quality score  L-1 regularization  AIC  BIC  Empirical discrimination power