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EFFICIENT GENERATION OF MEMBRANE AND SOLVENT TETRAHEDRAL MESHES FOR ION CHANNEL FINITE ELEMENT CALCULATION 期刊论文
INTERNATIONAL JOURNAL OF NUMERICAL ANALYSIS AND MODELING, 2022, 卷号: 19, 期号: 6, 页码: 887-906
作者:  Chao, Zhen;  Gui, Sheng;  Lu, Benzhuo;  Xie, Dexuan
收藏  |  浏览/下载：33/0  |  提交时间：2023/02/07
Finite element method  Poisson-Nernst-Planck equations  ion channel  membrane mesh generation  tetrahedral mesh  
DASHMM Accelerated Adaptive Fast Multipole Poisson-Boltzmann Solver on Distributed Memory Architecture 期刊论文
COMMUNICATIONS IN COMPUTATIONAL PHYSICS, 2019, 卷号: 25, 期号: 4, 页码: 1235-1258
作者:  Zhang, Bo;  DeBuhr, Jackson;  Niedzielski, Drake;  Mayolo, Silvio;  Lu, Benzhuo;  Sterling, Thomas
收藏  |  浏览/下载：180/0  |  提交时间：2019/03/05
Poisson-Boltzmann equation  boundary element method  DASHMM  distributed computing  
A Finite Element Solution of Lateral Periodic Poisson-Boltzmann Model for Membrane Channel Proteins 期刊论文
INTERNATIONAL JOURNAL OF MOLECULAR SCIENCES, 2018, 卷号: 19, 期号: 3, 页码: 17
作者:  Ji, Nan;  Liu, Tiantian;  Xu, Jingjie;  Shen, Longzhu Q.;  Lu, Benzhuo
收藏  |  浏览/下载：170/0  |  提交时间：2018/07/30
laterally periodic Poisson-Boltzmann model  finite element method  membrane channel proteins  pore region  solvation  
TMSmesh: A Robust Method for Molecular Surface Mesh Generation Using a Trace Technique 期刊论文
JOURNAL OF CHEMICAL THEORY AND COMPUTATION, 2011, 卷号: 7, 期号: 1, 页码: 203-212
作者:  Chen, Minxin;  Lu, Benzhuo
收藏  |  浏览/下载：93/0  |  提交时间：2018/07/30
AFMPB: An adaptive fast multipole, Poisson-Boltzmann solver for calculating electrostatics in biomolecular systems 期刊论文
COMPUTER PHYSICS COMMUNICATIONS, 2010, 卷号: 181, 期号: 6, 页码: 1150-1160
作者:  Lu, Benzhuo;  Cheng, Xiaolin;  Huang, Jingfang;  McCammon, J. Andrew
收藏  |  浏览/下载：125/0  |  提交时间：2018/07/30
Poisson-Boltzmann equation  Boundary integral equation  Node-patch method  Krylov subspace methods  Fast multipole methods  Diagonal translations  
An Adaptive Fast Multipole Boundary Element Method for Poisson-Boltzmann Electrostatics 期刊论文
JOURNAL OF CHEMICAL THEORY AND COMPUTATION, 2009, 卷号: 5, 期号: 6, 页码: 1692-1699
作者:  Lu, Benzhuo;  Cheng, Xiaolin;  Huang, Jingfang;  McCammon, J. Andrew
收藏  |  浏览/下载：109/0  |  提交时间：2018/07/30