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hReg-CNCC reconstructs a regulatory network in human cranial neural crest cells and annotates variants in a developmental context 期刊论文
COMMUNICATIONS BIOLOGY, 2021, 卷号: 4, 期号: 1, 页码: 16
作者:  Feng, Zhanying;  Duren, Zhana;  Xiong, Ziyi;  Wang, Sijia;  Liu, Fan;  Wong, Wing Hung;  Wang, Yong
收藏  |  浏览/下载：173/0  |  提交时间：2021/06/01
3Scover: Identifying Safeguard TF from Cell Type-TF Specificity Network by an Extended Minimum Set Cover Model 期刊论文
ISCIENCE, 2020, 卷号: 23, 期号: 6, 页码: 31
作者:  Yuan, Qiuyue;  Wang, Yong
收藏  |  浏览/下载：146/0  |  提交时间：2020/09/23
Integrative Analysis of Transcription Factor Combinatorial Interactions Using a Bayesian Tensor Factorization Approach 期刊论文
FRONTIERS IN GENETICS, 2017, 卷号: 8, 页码: 12
作者:  Ye, Yusen;  Gao, Lin;  Zhang, Shihua
收藏  |  浏览/下载：146/0  |  提交时间：2018/07/30
transcription regulation  TF regulatory networks  tensor factorization  integrative analysis of omics data  biological networks  
A Two-Stage Method to Identify Joint Modules From Matched MicroRNA and mRNA Expression Data 期刊论文
IEEE TRANSACTIONS ON NANOBIOSCIENCE, 2016, 卷号: 15, 期号: 4, 页码: 362-370
作者:  Min, Wenwen;  Liu, Juan;  Luo, Fei;  Zhang, Shihua
收藏  |  浏览/下载：166/0  |  提交时间：2018/07/30
L-0-penalized singular value decomposition (L-0-SVD)  miRNA cluster  miRNA-gene joint module  multiple-output sparse group lasso  
promoteconnectionsofyoungcomputationalbiologistsinchina 期刊论文
genomicsproteomicsbioinformatics, 2013, 卷号: 11, 期号: 4, 页码: 253
作者:  Zhang Shihua;  Wang Xiujie
收藏  |  浏览/下载：127/0  |  提交时间：2020/01/10
A novel computational framework for simultaneous integration of multiple types of genomic data to identify microRNA-gene regulatory modules 期刊论文
BIOINFORMATICS, 2011, 卷号: 27, 期号: 13, 页码: I401-I409
作者:  Zhang, Shihua;  Li, Qingjiao;  Liu, Juan;  Zhou, Xianghong Jasmine
收藏  |  浏览/下载：146/0  |  提交时间：2018/07/30
Inferring transcriptional interactions and regulator activities from experimental data 期刊论文
MOLECULES AND CELLS, 2007, 卷号: 24, 期号: 3, 页码: 307-315
作者:  Wang, Rui-Sheng;  Zhang, Xiang-Sun;  Chen, Luonan
收藏  |  浏览/下载：132/0  |  提交时间：2018/07/30
combinatorial regulation  regulator activity  transcription factor  transcriptional interactions  
Inferring transcriptional regulatory networks from high-throughput data 期刊论文
BIOINFORMATICS, 2007, 卷号: 23, 期号: 22, 页码: 3056-3064
作者:  Wang, Rui-Sheng;  Wang, Yong;  Zhang, Xiang-Sun;  Chen, Luonan
收藏  |  浏览/下载：123/0  |  提交时间：2018/07/30